Het Heegermeer ligt tussen de plaatsen Heeg in het noordoosten en Koudum in het zuidwesten. Het ondiepe meer is ongeveer 12 km lang en tot 2 km breed; de oppervlakte bedraagt ongeveer 15 vierkante kilometer. Het Johan Willem Frisokanaal stroomt door het meer vanuit Stavoren naar het westen, zodat vaartuigen via het IJsselmeer verbinding kunnen maken met de Noordzee.